工業顯微鏡是一種精密的光學儀器，因此在正確使用的同時，做好顯微鏡的日常維護和保養，也是非常重要的一環。注重顯微鏡的良好維護和保養，可以延長顯微鏡的使用時間并確保顯微鏡能始終處于良好的工作狀態中。
使用防塵罩
工業顯微鏡很少是在無塵的環境中使用，為了防止塵土的污染，每次用完顯微鏡后，須用防塵罩將顯微鏡及其附件遮蓋。用防塵罩遮蓋顯微鏡前，先讓顯微鏡和燈冷卻，以防止出現水汽，因為防塵罩是不耐熱的。
保持工業顯微鏡使用場地干燥，盡管每臺徠卡顯微鏡均采用了特殊的防霉處理工藝，但當顯微鏡長期工作在濕度較大的環境中，還是會增加霉變的幾率。
清潔
工業顯微鏡中目鏡物鏡的表面鏡頭最容易受到灰塵和污物及油的粘污，當發現襯度，清晰度降低，霧狀發生時，則需要用放大鏡仔細檢查目鏡，物鏡前面鏡頭的狀況。當顯微鏡光學部件有污垢時，切勿用手指、粗紙或手帕去擦，以防損壞鏡面?？上扔么禋馇虼等セ覊m或用柔軟毛刷去污物，再用擦鏡紙沾溶劑擦凈。
二、清潔載物臺：
用石蠟油或者不含酸的凡士林將載物臺上的淡色污點擦除。
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